ФГБУ "ВНИИЗЖ" разработаны методические рекомендации по изучению кластеризации очагов АЧС

С целью изучения молекулярной эволюции и масштабов циркуляции различных генетических групп вируса африканской чумы свиней (АЧС) на территории Российской Федерации специалисты референтной лаборатории по АЧС подведомственного Россельхознадзору ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» провели молекулярно-генетический анализ более 200 изолятов вируса АЧС генотипа II, вызвавшего вспышки инфекции в 2007-2023 гг.

Полученные данные позволили выделить на основе различных геномных маркеров до 24 генетических групп внутри данного генотипа и легли в основу для разработки методических рекомендаций по молекулярно-эпизоотологической кластеризации изолятов вируса АЧС методом субгенотипирования.

Опубликованные данные определяют шесть основных и семь дополнительных генетических маркеров изменчивости, которые рекомендованы для характеристики изолятов вируса II генотипа родоначальника современной эпизоотии АЧС.

Разработанный протокол ПЦР с электрофоретической детекцией дает возможность амплифицировать маркерные области генома вируса АЧС для их последующего секвенирования, выравнивания и молекулярно-эпизоотологической кластеризации. Метод позволяет осуществлять субгенотипирование изолятов и определять молекулярно-эпизоотический кластер по распределению генетических групп конкретных маркерных генов.

Методические рекомендации могут быть использованы при подготовке образцов для секвенирования, проведении молекулярно- и филогенетического анализов, географической кластеризации и пространственно-временного исследования в отношении вируса АЧС в различных научно-исследовательских лабораториях и центрах, проводящих глубокие молекулярно-генетические исследования.

Справочно:

Африканская чума свиней (АЧС) – вирусная болезнь домашних свиней и диких кабанов, характеризующаяся геморрагическим синдромом, умеренной контагиозностью, высокой летальностью и разнообразием форм течения. Одним из важнейших инструментов исследования вируса АЧС является молекулярно-генетический анализ, основанный на секвенировании определенных маркерных областей генома. В настоящее время в мире на основе анализа нуклеотидной последовательности длиной 475 п.н. С-конца гена B646L, кодирующего капсидный белок vр72, различают 24 генотипа вируса АЧС.